Пошто је с благословом предао власт српску свом сину Стефану Првовенчаном, Немања је преминуо у дубокој старости, у манастиру Хиландар 13. фебруара 1199. или 1200. године. Следеће године га је Светогорски сабор канонизовао као светог Симеона Мироточивог, јер су његове мошти точиле миро.
Свети Сава је 1208. године пренео његове посмртне остатке у Рашку, да би над њима измирио своју старију браћу Стефана Првовенчаног и Вукана, који су се борили око власти. Његове мошти су тада положене у његову задужбину Студеницу, поред оца, у којој се и данас налазе десно од олтара у саркофагу.
У међувремену су Немањине мошти премештане неколико пута: из Студенице у Жичу, па назад у Студеницу, затим одатле у Сопоћане - где су почивале 152 године. У земљи су биле укопане 211 година. Године 1686. су пренете у Црну Гору, а затим враћене у Студеницу 1701. Последњи пут су (још само годину дана) светитељеве мошти избивале - биле склоњене 1790-1791. године у Банат, у манастир Војловицу.
Српска православна црква га прославља 26. фебруара по грегоријанском, односно 13. фебруара по јулијанском календару. Стефан Немања се сматра једним од родоначелника Српске православне цркве, првим великим ктитором православних храмова међу Србима и дубоко побожним човеком. Православље је, према византијском моделу, постало државна вера, а епископија у Расу њено средиште. О томе сведочи и чињеница да су рашки епископи Јевтимије и Калиник важили за утицајне личности у држави и на саборима. Без обзира на то, он је одржавао добре и чврсте везе представницима папске курије, како из политичких разлога због подршке у борби против Византије, тако и због чињенице да је у његовој држави део становништва, махом у приморским областима, био римокатоличке вере.
Чланак је део пројекта суфинансираног од стране Фонда за изгбегла и расељена лица и сарадњу са Србима у региону. Ставови изнети у подржаном медијском пројекту не изражавају нужно ставове Фонда, који је доделио средства.